הנהלת חשבונות לא יכולה להתקיים ללא תוכנת הנהלת חשבונות.כשם שנחיצותו של עסק בהנהלת חשבונות היא תנאי בל יעבור, כך הנהלת חשבונותצריכה תוכנת. והשילוב של השתיים הוא, כאמור, הכרחי. תוכנת הנהלת חשבונותמאפשרת כל עניין הקשור להנהלת חשבונות, כולל אפילו הוצאת חשבוניות, שלאלדבר על הפקת דו"חות כספיים. היא פשוט משנה לחלוטין את ההתנהלות של כל עסקבאשר הוא ומקלה רבות על ניהול החשבונות שבו. במילים אחרות: רק עם תוכנתהנהלת חשבונות ניתן לקיים עסק על רגליו העצמאיות, החוקיות והיעילות.

בתחילת שנות השמונים של המאה הקודמת, עם תחילת עידן המחשוב, החלו לעבור כל העסקים לשימוש מסודר ונוח עם תוכנת הנהלת חשבונות ממוחשבת. הררי הנייר והתיוק האינסופי החליפו את מקומם לדיסקטים ושאילתותפשוטות, שפתרונן היה יכול להימשך לעיתים כמה ימים, נפתרו תוך שניות בלחיצתמקש. מאז ועד עתה התפתחו מאוד תוכנות של חברות שונות שנועדו להקל על ניהולהחשבונות (הקרוי גם ניהול ספרים), לעשות את כל הפעולות ביעילות, תוך שימתדגש מלא על דיוק וזמינות. עולם ניהול החשבונות השתנה לחלוטין.

למעשה, ניהול ספרים – השיטה הישנה לחשבונאות העסק והנהלת חשבונות - שונה במקצת מכל הקשור אל תוכנת הנהלת חשבונות.אם בניהול ספרים מדובר בתיעוד מלא ומקיף של הפעילות הכספית של העסק, תוכנתהנהלת חשבונות היא גם תוכנת לניהול עסק ומשאביו באופן כללי (ERP) המשלבתתוכנת הנהלת חשבונות, מערכת שיווק וקשרי לקוחות, תוכנת לניהול מחסני רכשועוד.

תוכנת להנהלת חשבונות עברה, כאמור, שינוי רב לאורך השנים. כיום, כמעט כלתוכנת הנהלת חשבונות היא בעצם תוכנת לניהול עסק לכל דבר ועניין, ממעקבודאגה אל עובדי החברה, דרך ספקים, ועד למתן כלים שיווקיים לבעל העסק. תוכנתהנהלת חשבונות מאפשרת לדעת אף את מצבו של הלקוח ביחס לעסק, כיצד ניתן לשפראת הקשר איתו וחשוב לא פחות: כיצד ניתן לחזק אותו ביחס ישיר להשקעה בו.אלו עניינים קריטיים לכל עסק: תוכנת שנותנת מענה מיידי לסטטוס של הלקוחבקשריו עם העסק, תורמת במישרין לקשר חם עם הלקוח ולכלי שיווקי רב עוצמה.

הרבה מגה-בייטים עברו בעולם המחשוב מצעדיה הראשונים של תוכנת הנהלתחשבונות ועד עתה. בשנים האחרונות, עם פריחת רשת האינטרנט, נכנס אליה גםתחום הנהלת החשבונות וניהול הספרים לאינטרנט. כיום, תוכנת הנהלת חשבונותמקוונת היא תוכנת רגילה לכל דבר ועניין. היתרון ברור: בעוד שתוכנת הנהלתחשבונות מקומית מצויה אך ורק במשרדי החברה, הרי שזמינות תוכנת הנהלתחשבונות מקוונת היא בכל מקום בעולם ובכל עת – בתנאי שישנו חיבור לרשת.