טיפול שורש נעשה באופן שגרתי כאשר ישנה שן בה העששת חדרה את זגוגית ושכבת הדנטין של השן והגיעה למוך השן, העשוי כלי דם ועצבים ובעצם מהווה את הרקמה הפנימית של השן, או כאשר נחשף מוך השן לזיהום עקב פגיעה.

יש לבצע כמה שלבים בטיפול שורש:

• פתיחת השן וסילוק העששת.
• סילוק רקמת מוך השן וניקוי תעלות השורש.
• מילוי השן בחומר מיוחד ולאחר מכן סתימתה.

טיפול שורש נערך כמעט תמיד באמצעות הרדמה מקומית, אולם מדי פעם ניתן לבצעו ללא שימוש באלחוש מקומי, במקרה בו השן "מתה". יש צורך בצילום רנטגן לפי ביצוע טיפול שורש כדי לבחון את מצב השן וממה היא נפגעה.

במשך הטיפול מקובל לעשות צילומים נוספים, וזאת כדי לוודא את אורכן של תעלות השורש. עם סיום ניקוי התעלות, הן מוזנות באמצעות חומר סתימה מיוחד על מנת לעצור את חדירת החיידקים וכך למנוע דלקת. בסופו של התהליך סותמים את השן בצורה רגילה.

לאחר טיפול שורש עלולה השן להיות חלשה יותר ויכולה להיות מועדת לשבירה. מסיבה זו כדאי להשלים את הכותרת תוך שימוש ביתד יצוקה או בורג באחת מתעלות השורש, ועליהם כתר.

הטיפול יכול להימשך לאורך מספר מפגשים. לעיתים ניתן לסיים את הטיפול בפגישה אחת, במיוחד במצבים בהם השן לא הייתה נמקית עם תחילת הטיפול.