תפקידה של הפרקליטות הצבאית הוא לסייע לצה"ל במילוי ואכיפת הדין ולהנחיל בו את עקרון שלטון החוק. הפרקליטות הצבאית אוכפת את הדין, מעניקה הגנה משפטית לחיילים, מייעצת לגופי הצבא ומייצגת אותם בענייני חוק ומשפט, ומפקחת על הדין המשמעתי ביחידות השונות (שהוא הצעד המקדים למשפט בבית דין צבאי).
בראש הפרקליטות עומד הפרקליט הצבאי הראשי. לפרקליטות הצבאית ישנה תביעה וסנגוריה צבאית (שאינה כפופה לפרקליט הצבאי הראשי, והיא גוף ריבוני בפני עצמו), כמו כן גם מחלקת ייעוץ וחקיקה, ובית ספר למשפט צבאי. לפרקליטות הצבאית ישנם בתי דין משל עצמה ואינם קשורים לבתי המשפט האזרחיים. ישנם בתי דין מחוזים, בית דין מיוחד הדן קצינים בדרגות גבוהות (מעל דרגת אלוף משנה) וכן בית דין צבאי לערעורים.
רוב ההליכים המשפטיים בצבא נערכים בתוך היחידות הצבאיות. הליכים אלו נקראים "דין משמעתי". הדין המשמעתי תקף רק לגביי עברות קלות. מטרתו של הליך בפני בית משפט צבאי הינה להתמודד עם הפרות חוקים חמורות יותר, וההליך המשפטי בבית המשפט הצבאי הוא הליך משפטי לכל דבר. עורכי הדין לובשים גלימות ומתחתיהן מדים. בבית המשפט הצבאי ישנו שופט או הרכב שופטים, ובניגוד לדין משמעתי, בו המפקד מכיר בדרך כלל את הנאשם, בבית הדין לא תתקיים הכרות מוקדמת בין השופטים לנאשם.
בבית הדין הצבאי זכאי הנאשם לייצוג על ידי הסנגוריה הצבאית, ואף ראשי לשכור לעצמו עורך דין לענייני צבא בעל אישור הופעה בבית משפט צבאי. ההליך בפרקליטות הצבאית מתחיל בדרך כלל בעקבות חקירת המשטרה הצבאית, ולאחר מכן, מושג כתב אישום לבית דין צבאי. התהליך המשפטי פועל בהתאמה להליך המשפטי ב"אזרחות", אך עונש מאסר יתבצע בבית כלא צבאי. כמו כן, במקרה של הרשעה בעבירות פליליות, כמו לדוגמה במקרה של עבירות סמים בזמן הצבא, מיד לאחר השחרור מצה"ל, הרישום הפלילי עובר למשטרה, ומלווה גם את החיים האזרחים.
כאשר חייל או איש צבא מגיע למשפט צבאי, מומלץ לפנות אל עורך דין המתמחה באופן ספציפי במערכת משפט זו. עו"ד העוסק בתחום אחר, כמו למשל מקרקעין, גירושין או חוזים, על אף שהוא יכול להיות עו"ד מעולה, הוא לא בהכרח מכיר את מערכת השיפוט הצבאית ולכן פחות יכול לסייע במקרה של תביעה או אישום במסגרת הצבא.