בית דין צבאי הינו בית משפט השופט חיילים בשירות סדיר, קצינים, חיילי מילואים ואזרחים הכפופים לצה"ל במסגרת עבודתם, בגין ביצוע עבירות פליליות ובגין ביצוע עבירות הנוגעות לצה"ל.
מערכת בתי הדין הצבאיים פועלת תחת הגדרותיו של חוק השיפוט הצבאי והינה בעלת שתי ערכאות, בית דין מחוזי ובית דין לערעורים.
ישנםשלושה בתי דין מחוזיים, אחד של מחוזות הצפון וחיל הים הממוקם בחיפה, השנישל מחוזות המרכז, המטכ"ל, פיקוד העורף וחיל האוויר הממוקם ביפו והשלישיוהאחרון, מחוזות הדרום ומפקדת זרוע היבשה, הממוקם בקרית מלאכי.
בכלמחוז משרתים קצינים בדרגת רס"ן וסא"ל המשמשים כשופטים, כאשר נשיאו של ביתהדין, הינו בדרגת אל"מ. שופטי בית הדין הצבאי ממונים על ידי נשיא המדינה,בעזרת ועדה מיוחדת, שהוסמכה לדבר.
על פסק הדין של בית המשפט המחוזיניתן לערער בבית הדין הצבאי לערעורים, הממוקם בבסיס הקריה בתל אביב. במקרההצורך, אפשר לערער על פסק דין שהתקבל בבית המשפט לערעורים, בבית המשפטהעליון אם וכאשר ניתנה רשות לכך.
ישנו בית דין צבאי נוסף שממוקם ביפוונקרא, בית דין מיוחד. בבית דין זה מגיעים למשפט קצינים מדרגת סגן אלוףומעלה ונאשמים שגזר דינם מוות, יחד עם כל אלו, שהואשמו איתם באותו כתבהאישום.
העבירות השכיחות המגיעות לבית דין צבאי הן עבירות סמים, עבירות מין, עבירות עריקות, הטרדה מינית, תאונות דרכים ועבירות, שקשורות ביסודן לצבא כמו הוצאת רכוש, עבירות נשק, עבירות ביטחון וכדומה.
תהליךהעמדה לדין מתחיל בחקירה של המשטרה הצבאית החוקרת, שמעבירה את ממצאיהלפרקליטות הצבאית. במקרה של עבירות קלות, תהליך העמדה לדין מתחיל בחקירתקצין בודק מטעם היחידה, שמעביר את ממצאיו לפרקליטות. בכל מקרה, הפרקליטהצבאי שוקל את הממצאים השונים ושיקול דעתו, הוא זה שיכריע, אם יוגש כתבאישום או לא. במידה והוחלט להגיש כתב אישום, התיק יעבור לבית הדין הצבאי.
חייל שעתיד לעמוד בפני בית דין צבאי, זכאי לייצוג של עורך דין צבאי מטעם הסנגוריה הצבאית או לייצוג של עורך דין אזרחי, שבקיא בחוק השיפוט הצבאי והינו בעל אישור, להופיע בבתי דין צבאיים.