בשנים האחרונות יש יותר מודעות לנושאי של זיהום ופגיעה בסביבה. יותר ויותר אנשים ויותר ויותר חברות מנסים למצוא דרכים לצמצום הפגיעה בסביבה. תחומים שונים של הכלכלה העולמית מצד אחד ושל החיים הפרטיים של כל אדם מן הישוב מצד שני נבחנים בעיניים ירוקות: האם הם מזיקים לסביבה או תורמים לשמירה על איכות הסביבה? גם התחום של הובלה ימית ראוי לו שייבדק בעיניים ירוקות. כדי לבחון את התחום של הובלה ימית בכל הנוגע לזיהום, אקולוגיה ופגיעה בסביבה או הגנה על הסביבה יש צורך במחקרים רבים ועדיין אין מספיק מידע בנושא. בשורות הבאים ייעשה ניסיון לשרטט בקווים כלליים את השאלות השונות שנוגעות לקשר בין הובלה ימית ואיכות הסביבה.

אחד מהדברים שיש לציין בתור התחלה בכל דיון על הובלה ימית ואיכות הסביבה הוא שכאשר מדברים על הובלה ימית צריך לזכור שהיא, פעמים רבות, תחליף להובלה אווירית. כיום ההעדפה של הובלה ימית על פני הובלה אווירית נובעת מהמחיר הנמוך יותר של הובלה ימית לעומת הובלה במטוסים ועל היכולת להעביר מטענים מסוימים שאינם מתאימים להובלה אווירית. אם משווים את כמות המטען שניתן להוביל במטוס אחד לעומת הכמות שניתן להעביר בספינת מכולות הרי שניתן מיד לשער שכמות הדלק שבה נעשה שימוש עבור הובלה ימית של מטען כלשהו קטנה בצורה משמעותית מהכמות שבה היה נעשה שימוש אם המטען היה מועבר בדרך האוויר. למעשה ניתן לדמות את ההבדל ביו הובלה ימית והובלה אווירית להבדל בין מכונית פרטית לבין אוטובוס: כמו שאוטובוס שמשנע יותר נוסעים חסכוני יותר ממכונית פרטית שמובילה מספר קטן של נוסעים, כך גם הובלה ימית שמובילה כמות גדולה יותר של מטען חסכונית יותר ממטוס שמעביר פחות מטען.

מחקר מפורט יותר יוכל לחשב את העלות הפחמנית לטון מטען (דהיינו כמות הפחמן שנפלטת עבור הובלה של טון מטען) של הובלה ימית ושל הובלה אווירית. ניתן לשער שהעלות הפחמנית של הובלה ימית תהיה נמוכה יותר. עם זאת צריך גם לבחון את הדלקים השונים שבהם נעשה שימוש בכל אחד מסוגי ההובלה הללו. דלק מטוסים הוא דלק מזוקק יותר מהדלק שמשמש באוניות וייתכן שהוא פולט מרכיבים פחות מזהמים לאוויר. יש לבדוק אם תהליך הזיקוק של דלק מטוסים הוא תהליך מזהם יותר ובעל עלויות אנרגטיות גבוהות יותר מהייצור של דלק אוניות. רק בשקלול מלא של הנתונים הללו – שאליהם יש להוסיף גם את העלות האנרגטית, הפחמנית והזיהומית של תפעול נמל תעופה לעומת תפעול נמל ימי – יהיה אפשר להגיע למסקנה אם הובלת טון מטען באמצעות הובלה ימית מזהם פחות מהובלת טון מטען בהובלה אווירית.

לצד השקלול הזה יש לחשוב גם על הזיהום שיוצרות אוניות בים כשהן מבצעות הובלה ימית: דליפות דלק, השלכת אשפה לים, פגיעה בבעלי חיים ימיים וכן הלאה. אין ספק שמדובר במחקר שאיננו פשוט ושכולל מרכיבים שונים שפועלים עם השפעות הדדיות. מחקר שכזה יוכל להעניק לצרכן המודע, לחברות בעלות תודעה חברתית ומוסרית ומדינות שמעוניינות לקדם את הגנת הסביבה את התשובה לשאלה החשובה: באיזו מידה ניתן לומר על הובלה ימית שהיא טובה לסביבה?