המחיר של הובלה ימית אינו כמו מחיר של נסיעת באוטובוס או מחיר של משלוח חבילה. תעריף של הובלה ימית תלוי במשתנים רבים שמשפיעים על המחיר שאותו משלם בעל המטען.
יחידות מדידה
הובלה ימית מתומחרת לפי יחידות מדידה. יחידות המדידה הן של משקל או של נפח ומשתמשים ביחידה הגבוהה יותר – דהיינו עבור מטען שבו יש יותר נפח ביחס למשקל (מטען קל אבל בעל נפח גדול) המטען יתומחר לפי יחידות נפח. עבור מטען שנפחו קטן אבל המשקל שלו כבד המחיר ייקבע לפי יחידת משקל. הסיבה לכך ברורה: הובלה ימית מבוססת גם על המקום שהמטען תופס במכולה או בתפזורת וגם על העומס שהמטען מוסיף לספינה.
בשביל לתמחר את המחיר של הובלה ימית מכפילים את היחידות של המטען במחיר שנקבע עבור יחידה אחת.
מרכיבים ישירים
המחיר של הובלה ימית כולל כמה מרכיבים ישירים שמשפיעים על וקובעים את התעריף. מרחק ההפלגה הוא כמובן גורם משמעותי. למרות שככל שהמרחק גדול יותר המחיר יגדל בהתאם, הגדילה איננה פרופורציונאלית לגידול במרחק. ההבדל בין המחיר של מרחק נתון ומרחק כפול איננו הכפלת התעריף של ההובלה כיוון שישנן הוצאות קבועות שאינן גדלות עם הגדלת המרחק.
לצד המרחק ישנם עוד כמה מרכיבים במחיר של הובלה ימית. ישנם נמלים שאליהם מגיעות יותר ספינות ובתדירות גבוהה יותר. במידה ומדובר בקו הובלה שלא נעות בו הרבה ספינות הרי שהמחיר של הובלה ימית בקו הזה תהיה גבוהה ממחיר של הובלה ימית בקו שאותו משרתות יותר ספינות. הסיבה לכך ברורה: יש פחות נגישות לשטח עבור המטען ולכן השטח הקיים עולה יותר.
סוג המטען
סוג המטען משפיע בצורה ישירה על המחיר של הובלה ימית. ההובלה של מטענים שדורשים טיפול מיוחד או שיש בהם סכנה היא יקרה יותר במיוחד אם מדובר במטענים נדירים שאין זמינות גדולה לאמצעי התובלה שלהם. הובלה ימית מתבססת על מכולות סטנדרטיות בגדלים קבועים ועבור מטענים שחורגים מהגודל של מכולות אלה יידרש מחיר גבוה יותר. במידה והמטען תופס מכולה שלמה ישנו מחיר קבוע עבור הובלה ימית במכולה אחת והלקוח גם מוסיף סכום מסוים עבור שכירת המכולה. כאשר המטען איננו ממלא מכולה שלמה, מה שנקרא מכולה חלקית, הלקוח משלם על החלק היחסי של המכולה שבו הוא עושה שימוש.
חשוב לציין שלמעשה חברות הספנות שמבצעות הובלה ימית סומכות על כך שהמטענים היקרים יכסו את העלות של המטענים הזולים – מה שנקרא סבסוד צולב.העלות היא עבור מכולה או מקום במכולה ולא לפי השווי של המטען שעבורו נדרשת הובלה ימית.
היטלים
העלות של הובלה ימית כוללת מרכיבים נוספים. ישנם כמה היטלים שנקבעים לפי אופי המטען, העונה שבה מתבצעת הובלה ימית, היטלים שנועדו לפצות את בעלי הספינה על עליה במחירי הדלק או עבור שינויים בשערי מטבע מסוים. כמו כן ישנם היטלים על הובלה ימית שיש בה סיכונים נקודתיים כמו הובלה ימית באזורים שיש בהם סכנת מלחמה או פירטים וכן הלאה. היטלים נוספים על הובלה ימית כוללים היטלים עבור נמלים צפופים שבהם יש עיכוב לספינה או עבור תשלומים נקודתיים שגובים נמלים בהתאם למדיניות המקומית.