ארון קודש מבטא את השילוב בין שלושה ערכים חשובים ביהדות. מקומו המרכזי בבית הכנסת, התפקיד שיש לו והחשיבות שלו בליטורגיה הדתית יוצרים ביחד ביטוי לערכים החשובים הללו ומסמלים את השילוב שלהם ביחד. ארון קודש מצליח לתת ביטוי לחשיבותה של התורה, לחשיבותה של התפילה ולחשיבותה של הקהילה במחשבה היהודית.
תורה
התפקיד הפשוט של ארונות קודש הוא לספק מקום לאחסון ספרי התורה. אלא שאי-אפשר לדבר על ארון קודש רק כעל מחסן, מקום מוגן או נקודת אחסון של חפצים. הקדושה של ספרי התורה משפיעה על עצם מהותו של ארון קודש ונדמה שהארון עצמו זוכה כבר לקדושה בפני עצמו. ניתן לומר שאפילו אם יש ארון קודש ריק מספרי תורה הרי שעדיין כל יהודי ירגיש שהוא קדוש ולכן ארון קודש הוא בעל קדושה משל עצמו שכבר איננה תלויה בספרי התורה שנמצאים בו. עם זאת מקור הקדושה הראשוני של ארונות קודש הוא ספרי התורה. ההתפתחות ההיסטורית של ארונות קודש החלה מתיבה שנועדה לאכסן את כתבי הקודש ומשם הלך והתפתח המקום המרכזי של ארון קודש בכל בית כנסת. התורה היא זו שהעניקה לארון את הקדושה שלו והוא עדיין מבטא את מקומה של התורה בבית הכנסת.
תפילה
למרות שמקור הקדושה הראשוני של ארונות קודש הוא התורה, המקום שתופס ארון קודש בכל בית כנסת הפך להיות קשור גם לתפילה. במהלך התפילה פותחים ארון קודש גם אם לא מתכוונים להוציא ספר תורה. הדוגמה הטובה ביותר לכך היא בתפילות הימים הנוראים: ברגעי השיא של התפילות, כאשר יש צורך להדגיש את הרצון בפתיחת שערי שמיים, כאשר מנסים להעצים את כוחה של התפילה, פותחים ארון קודש. ארונות קודש הופכים, אם כן, למעין צינור שדרכו התפילה עולה למעלה. האם זה קשור לספרי התורה שבהם? ייתכן. אך עבור המתפלל הרגיל ספרי התורה אינם המטרה של התפילה שלו והוא מתייחס אל הארון ככלי בתפילה שלו. בעוד התורה היא השכל, החוק, דבר השמיים, התפילה היא רגש, רחמים ודברם של בני האדם כשהם מנסים לדבר עם השמיים.
קהילה
ארון קודש תופס את המקום המרכזי בבית הכנסת. עצם המהות שלו היא המיקום שלו בציבור, לפני הציבור, במקום שבו הציבור מתאסף. ישנם אנשים שיכולים להרשות לעצמם לבנות ארון קודש בביתם אך ברוב מוחלט של המקרים ארון קודש הוא חלק מבית כנסת. בית כנסת הוא המקום שבו מתאספת הקהילה וכיוון שהארון הוא מרכזו של בית הכנסת הרי שהוא מקבל משמעות של קהילה, של ביחד. כאשר כל הציבור פונה לכיוונו של ארון קודש נדמה שנוצר רצון כללי של המתפללים שמתבטא בכך שהם מפנים את מבטם למזרח, לכיוונו של ארון קודש ומעבר לו אל ירושלים. ארון קודש הוא הביטוי לכך שלכל קהילה יש דבר מה משותף ולכל הקהילות היהודיות בכל מקום בעולם יש כיוון אחד שמחבר אותם למעין קהילה כלל עולמית. ארונות קודש בכל מקום הם אלה שמחברים קהילה אל קהילה כאשר כל יהודי בכל מקום ובכל זמן מפנה את פניו אל הארון ודרכו הוא מתכוון לירושלים.
תורה, תפילה , קהילה: שלושה ערכים שמתבטאים בעצם מהותו של ארון קודש.