הובלה ימית משמשת כמה וכמה תחומי פשיעה שונים. לצד ההובלות החוקיות שנעשות באמצעות ספינות – וחלק גדול ממוצרי הצריכה שלנו ומהאוכל שאנחנו אוכלים מגיע בדרך זו – ישנם גם הרבה מטענים לא חוקיים שמובלים על פני הים ממקום למקום. לעיתים המטען הלא חוקי נמצא לצידו של מטען חוקי לחלוטין ונוסע בחסותו ובצילו.

ישנם כמה מאפיינים שגורמים לכך שמטענים לא חוקיים כה רבים מובלים בעולם באמצעות הובלה ימית. האבטחה בנמלי הים ברחבי העולם היא פחות נוקשה מהאבטחה בנמלי האוויר. ספינות הן על פי רוב בעלות קיבולת גדולה בהרבה ממטוסים ולכן ניתן להעביר בהן יותר מטען ולהסתיר מטען לא חוקי בתוך מטען חוקי. נתיבי הים עוברים באזורים ניטראליים שאינם נשלטים על-ידי מדינות ולכן ניתן לבצע יותר פעולות סודיות בים. ניתן אפילו להעמיס מטען בלב ים – מה שלא ניתן לעשות במהלך הובלה אווירית – ואוניה יכולה לקבל מטען לא חוקי לאחר שהיא עזבה בצורה חוקית נמל כלשהו. העלות של הובלה ימית היא גם יותר נמוכה מהובלה בדרך האוויר, מה שהופך אותה לאטרקטיבית.

המטענים הלא חוקיים שמועברים באמצעות הובלה ימית הם מגוונים ביותר. הפשיעה המוכרת ביותר היא כמובן הברחת סחורות מבלי לשלם עליהם מכס או כנגד תקנות המכס של מדינה מסוימת. כיוון שאוניות מכולות, לדוגמא, הן עצומות, קל מאוד להסתיר סחורה בין המטען ולהבריח אותה מארץ לארץ. אפילו מלחים שעובדים על ספינות שולחים את ידם בהברחה כזו שיכולה להוסיף הכנסה יפה למשכורתו של המלח.

הברחות יותר משמעותיות נעשות בתחומים רווחיים במיוחד. הברחת נשק היא תופעה מאוד חמורה והיא נעשית בעיקר באמצעות הובלה ימית. אוניות שנושאות נשק לאזורים שעליהם יש אמברגו הן תופעה מוכרת שגורמת להתמשכותן של מלחמות ברחבי כדור הארץ ובעיקר באפריקה. פעמים רבות התמורה לנשק היא במחצבים מקומיים כמו יהלומים או מינרלים נדירים שעושים את דרכם באותן האוניות אל היעד הבא. גם סמים מוברחים בדרך זו משדות הייצור אל הארצות העשירות שבהן יש שוק גדל והולך לכל מיני מוצרים נרקוטיים. הובלה ימית של סמים היא תופעה שמציבה אתגר בלתי פוסק למשמר החופים של כל מדינה מערבית.

ההברחה הנוראה מכולם היא ההברחה של בני אדם מארץ לארץ. הובלה ימית של בני אדם יכולה להיות למטרת כניסה בלתי חוקית לארץ מסוימת או למטרות סחר בבני אדם. במקרים רבים המטען האנושי מאוכסן במכולה ומובל אל ארץ היעד שם הוא נמכר למטרות זנות או קצירת אברים להשתלה. גם במידה והאנשים שמובלים בדרך זו מנסים להסתנן אל ארץ עשירה הנסיעה עלולה להיגמר בטרגדיה: תנאי המסע קשים מאוד ולא כול הנוסעים שורדים את המסע. לעיתים הם מגיעים לארץ היעד ושם הם מוצאים להורג כדי שהם לא יסגירו את מי שהוביל אותם אל ארץ היעד. לעיתים הם מגלים שהם למעשה נועדו למכירה לאותן מטרות שכבר הזכרנו.

הובלה ימית היא חיונית לכלכלה המודרנית ולדרך החיים שאליה הורגלנו. לצד היתרונות שלה והמקום החשוב שהיא תופסת בחיינו היא מהווה גם מקור לפשיעה ולסבל. כמו בהרבה תחומים בחיינו בעולם, הטוב והרע מעורבים זה בזה וקשה לעיתים לדעת היכן נגמר האחד ומתחיל האחר.