אמנם לא רבים יודעים זאת ונהוג לחשוב על שבועות כחג המים והגבינות, אך מאחורי החג המתרחש עם תום 49 יום של ספירת עומר עומדת משמעות רבה, במיוחד לאור העובדה שהחג מזוהה עם זמן מתן תורה. על פי המסורת, ניתנה התורה לעם ישראל בבוקר חג השבועות, ולמעשה מכאן צמח המנהג לקרוא את תיקון ליל שבועות במשך כל ליל החג. מדובר למעשה בלימוד הכולל התחלות וסיומים של פרקי התורה ותיקון זה הינו למעשה ההכנה ליום מתן תורה. מקורו של המנהג בספר הזוהר ומאז המאה השלוש עשרה נפוץ המנהג ברוב הקהילות בארץ ישראל.
ישנם ארבעה טעמים שנקבעו על פי הפרד"ס המנמקים את הסיבות עבור תיקון ליל שבועות: לפי שיר השירים רבה, מכיוון שעם ישראל לא ציפה ער כל הלילה לקראת מתן התורה, תורת הרמז מספרת שחג שבועות מתקיים כנגד יצחק אבינו, שמידתו גבורה ועל כן יש להתגבר על תאוות השינה, על פי הדרש עם ישראל קיבל את התורה שבע"פ מכפייה ועל כן- כדי להראות את החיבה לתושב"ע אנו מראים את רצוננו ללמוד כל הלילה, ועפ"י תורת הסוד הלימוד נחשב לקישור "הכלה", שהוא עם ישראל, לקראת הזיווג עם "החתן", שהוא ה', ביום מתן התורה.
חג שבועות, שנקבע ל-ו' בסיוון ומתרחש לאחר סיום ספירת עומר שמתחיל בפסח ועד החג, מכונה אף יום הביכורים והינו אחד משלושת הרגלים. לחג מספר מנהגים, ביניהם- תיקון ליל שבועות, קריאת מגילת רות, אכילת מאכלי חלב וקישוט הבית בצמחייה. כיום נוהגים הילדים אף לשפוך שקיות מים זה על זה, ויש שטוענים שנוהג זה צמח בעקבות העובדה שהתורה משולה למים. כך או אחרת, חשוב לדעת כי ספירת עומר מסתיימת עם בוא חג שבועות, או אז ניתן (ויש אומרים אף רצוי) לעשות ליל שימורים וללמוד תיקון ליל שבועות, ורק אח"כ להשתכשך במים בחג שכולו חלב וגבינה.