ככל שהקהל הרחב וקהל נוטלי המשכנתא נעשה מודע יותר לאפשרויות השונות העומדות לפניו, כך הוא גם מבין שמשכנתא שאינה אופטימאלית היא לא גזר דין מוות, וניתן לשפר אותה באמצעות תהליך הידוע כמחזור משכנתא. גם היום שיעור ממחזרי המשכנתאות הוא קטן יחסית לארה"ב לדוגמה, אך הנתונים האלו משתנים ואפשר להגיד שהצרכן הישראלי לומד לעמוד על שלו גם כשמדובר בתהליך פיננסי שאינו תמיד קל להבנה. בדרך כלל, ניתן לחסוך בין 20% ל - 40% מהסכום שמחזירים.

במסגרת מחזור משכנתא, למעשה פורעים את המשכנתא הקיימת ולוקחים משכנתא חדשה במקומה. לפני שמבצעים את התהליך, חשוב לדעת שלעיתים יש עמלות גבוהות למדי (עמלות היון) על פריעת המשכנתא הקיימת. לכן, כאשר מחשבים את הסכום שייחסך באמצעות המשכנתא החדשה, צריך לקחת בחשבון שחלק מהסכום יתקזז אל מול העמלות האלו. בדרך כלל עמלת היון גבוהה תגבה כאשר יש הבדל בין הריבית בה הבנק נתן את המשכנתא הקיימת, ובין הריבית בשוק כיום. החישוב הבסיסי הוא מספר השנים שנותרו כפול הסכום הכולל של המשכנתא כפול ההפרש בין הריביות. ישנן גם מספר עמלות נוספות, כמו עמלה שנלקחת לאחר ה - 15 לחודש למשכנתאות צמודות למדד, ולכן חשוב למחזר את המשכנתא לפני ה - 15. עמלה נוספת שקל להימנע ממנה היא עמלת אי הודעה מראש והיא מבוטלת אם מודיעים לבנק יותר מעשרה ימים לפני תאריך מחזור המשכנתא.

בכל אופן, יש לציין שהעמלות השונות של מחזור המשכנתא מתווספות אל הקרן ולא נלקחות מכיסו הפרטי של הלווה. עוד דבר שחשוב לדעת הוא שהבנק דורש לוח סילוקין של המשכנתא. הבנק גובה עמלה גם על הלוח, אך רק אם מוציאים יותר משתי לוחות בשנה. (דבר שבהחלט יכול לקרות אם רוצים לבדוק את הכדאיות של מחזור משכנתא כמה פעמים בשנה).

ניקח לדוגמה משכנתא שנלקחה בזמן שהיו ריביות גבוהות במשק, ובמסלול של ריבית קבועה. משכנתא זו נלקחת ל - 20 שנים , ומתוכן כבר עברו חמש שנים. במהלך חמש השנים הללו, הריבית במשק ירדה באחוז ניכר. מבחינת נוטל המשכנתא, אין לו שום סיבה להמשיך ולשלם סכומים גבוהים כל כך במשך 15 השנים הבאות. אם כרגע הוא ייפרע את המשכנתא וייקח משכנתא נוספת ל - 15 שנים עם הריבית הריאלית במשק, הוא יוכל לחסוך כסף רב שיתבטא בסופו של דבר בגודל ההחזר החודשי.

ישנם גם מקרים בהם רוצים לחסל לחלוטין את המשכנתא הקיימת, למשל, כאשר מתקבל סכום גדול במיוחד של כסף ובעצם אין סיבה שלא לפרוע אותו בבת אחת.באופן דומה, אם ההכנסה של הלווה גודלת וההחזר החודשי שלו נמוך יחסית, הוא יכול לקחת משכנתא "רעה יותר" על מנת לקצר את תקופת הלוואה ובעצם להוריד את העול הכבד של המשכנתא מהר יותר.