לאחר שנעשתה עבודת החלום מופיע סוף סוף החלום עצמו, לאמור תוכנו הגלוי, בתודעת החולם. אולם, תוך כדי הופעתו, עובר תוכן החלום עיבוד משני. בעיקרו של דבר, דומה עיבוד משני זה לתהליכים המוכרים של תפיסה: בעירות אנו מתמידים לארגן, לפרש ולסדר את הנתפס ברצף הנראה לנו כמתאים לאירועי העולם החיצוני, עד כדי כך שלפעמים אנו טועים בהבנתו את העובדות ולפעמים מסלפים אותן,  זאת בכדי להתאימן להגיוני, לרגיל ולידוע. במתן עדות למשל, מעידים העדים עדויות סותרות מתוך תום לב ורצון כן לספר את האמת. אך לעיתים קרובות, מתברר שהוסיפו פרשנות עצמית כפי שתפסו את הדבר, שינו והתאימו את אשר שמעו וראו למה שהניחו כמובן מאליו. כך קורה גם בחלום, באשר הוא תהליך מעין תפיסתי: אנו משלימים חלקים הנראים כחסרים, מארגנים ומסדרים את העובדות כך שהנן ברורות ושוטפות ברצף הגיוני ומציאותי, ומשמיטים, או אף משנים, פרטים שאינם משתלבים. אך, באותה מידה שתהליך זה מוגבל בתפיסת המציאות, כך גם בחלום אין הוא פועל ללא הגבלה. אי התאמה הגיונית חריפה ומוזרות בולטת, אינן מיטשטשות בתודעתנו ולפעמים, אף מתחזקת תחושתן. מהות החלום כמילוי משאלה סמויה ברמה דמיונית, מופיע באופן די ברור בחלומות ילדים. פרויד מציין שאצל ילדים לא קיימת עדיין הפרדה חדה וברורה בין המודע לבלתי מודע, על כן, חלומותיהן הם במקרים רבים, ביטוי ישיר וברור למילוי דמיוני של משאלותיהם הגלויות והמודעות. אחת הבעיות שפרויד הכיר בהן ולא מצא להן פתרון במסגרת ההנחה שהחלום בעיקרו בא לצורך סיפוק משאלות, היא תופעת חלומות חרדה וזוועה החוזרות ומכאיבות, חוויות המשאירות רושם עז ובלתי נשכח על האדם, כגון אירועים בשדה הקרב, או מצבי שואה, מה שמכונה חוויות טראומטיות. כיצד ניתן שאדם חוזר שוב ושוב בחלומותיו דווקא על אותם מצבי סבל וזוועה? לאחר שיקולים רבים הודה פרויד שתופעה זו מהווה בעיה רצינית, הוא שינה את ניסוח התיאוריה לכך, שהחלומות מהווים ניסיון ומאמץ, גם במקרים  שכינה "חלומות נוירוזה טראומטית", מאמץ זה אכן קיים אך אינו זוכה בהצלחה ומסתיים בכישלון. אם אסכם את תפיסתו של פרויד את החלום, ואעזר בביטוייו,  אוכל לומר שהחלום הוא צעד של פשרה  לסיפוק דמיוני של המאווים ודחפים בלתי מודעים, לאחר שהתמזגו עם חוויות יומיומיות, ובו הסוואות ועיוותים שונים.

במידה מסוימת מצריך תהליך פרוש החלום הליכה בדרך הפוכה מזו של עבודת החלום ושלבי יצירתו. שהרי החלום הוא התוצאה לא הסיבה.  בפני המפרש מצוי התוצר הסופי שהוא התוכן הגלוי של החלום, עליו כאילו ללכת לאחור ולהגיע בשלבים שסדרם הפוך, אל התוכן הסמוי. אך דרך שלבית מדויקת זו איננה אפשרית בכל מקרה, שהרי כאן מדובר על פשרה שנעשתה בין הדחפים והמאוויים לבין המציאות. מכל  מקום, האמצעי שבידי המפרש הן בעיקר אסוציאציות מילוליות ליסודות שונים, שהופיעו בתוכן הגלוי של החלום כפי שהוא זכור לו. אסוציאציות אלה מתבקש החולם להעלות ולומר, כדרך שהן מתעוררות בהכרתו בשעת העירות. (אולם יש לזכור כי אין באפשרות החוקר לבודד את המשתנה החשוב מכל והוא הפשרה). מפרש החלומות משמיע באזני האדם את אחד הנושאים שהוזכרו בסיפור חלומו ומבקשו, לספר על כך במהירות וללא כל ביקורת עצמית, או מעצורים כלשהם מיד עם שמיעת הנושא.

תגובות האדם אינן צריכות להיות הגיוניות, או קשורות בכל דרך שהיא לנושא החלום. אין הוא צריך אלא להשמיע רעיונות המתעוררים בתודעתו עם העלאת הנושא. בעזרת אסוציאציות חופשיות כאלה של החולם, מנסה  מפרש החלום להבין כביכול צפונות ליבו של החולם בחלומו.

המאמץ לחשוף את הסמלים על משמעותם, נעשה תוך הכרת האופי הכלל אנושי של סמלים בחלום, בד בבד עם הכרת אישיות החולם, מהלך חייו וסביבתו החברתית והתרבותית. כל אלה עשויים לסייע למפרש החלום להבנת המשמעות האמיתית של החלום. הפירוש אינו  חד משמעי אלא אף הוא מהווה כעין פשרה  ואין הוא האפשרות היחידה הקיימת.