את תרופת הויאגרה פיתחו בתחילה כטיפול בתעוקת חזה, מציין פרופ' יורם ורדי, מנהל היחידה לנוירו-אורולוגיה, בקריה הרפואית רמב"ם (פורסם באתר rambam.org.il). התרופה יעילה בעיכובו של האנזים פוספודיאסטראז 5' (5 Phosphodiesterase-5 PDE). ד"ר גיל רביב (אורולוג בכיר, במרכז הרפואי תל השומר, באתר medicalmedia), מציין שהאנזים 5PDE משתתף בתהליך ביוכימי שמתרחש בגוף הגבר, תוך כדי העוררות המינית, תורם להרפיית השריר החלק בגופים המחילתיים בפין ומביא להרחבתם של כלי הדם ולהגברת זרימת הדם בתוכו. תהליך זה גורם ליצירת זקפה טובה וארוכה.

רבות נכתב על תופעות הלוואי שצופנת בחובה נטילת הויאגרה כתכשיר להגברת האון. אחד המאמרים שעוסק בכך פורסם על-ידי מרשל בריין (Marshall Brain, באתר health.howstuffworks.com), המדגיש שמעטות הן התרופות שפעולתן היא מושלמת, וכך גם הויאגרה. כל תרופה עלולה, תוך כדי זרימתה בתוך הגוף, לפגוע בחלק-גוף זה או אחר באופן בלתי מכוון. למשל, האספירין משמש לשיכוך כאבים, אבל בה בעת עלול לפגוע במעטפת הקיבה או לגרום לדילול הדם. שתי תופעות לוואי שמאפיינות את האספירין.

לגלולת ויאגרה תופעות לוואי שונות ורצוי שהמשתמשים בה ידעו עליהן מראש:

הבעיה הראשונה מציין בריין נובעת מכך שלויאגרה יש השפעות נוספות מלבד זקיפת הפין. היא אמנם מעכבת את האנזים 5PDE, אבל בד בבד גם משפיעה גם על ה-6PDE. כמה מילים על ה-6PDE. ד"ר יעקב קרפ וד"ר נורית מטלון מתייחסים במאמר: "ניוון רשתית תורשתי עם אור בקצה המנהרה" (באתר themedical), לתופעות הלוואי הכרוכות בנטילת ויאגרה, המשפיעה על שינויים בראייה ושינויים ב-ERG. מוטציה בגן 6PDE כתוצאה מהויאגרה, עלולה לגרום ל-RP,  קרי: רטיניטיס פיגמנטוזה Retinitis Pigmentosa)). לפי קרפ ומטלון: ה-RP "היא כותרת למספר מחלות תורשתיות של רשתית העין, שהמאפיין שלהן הוא אובדן ראייה מתקדם של שדה הראייה ההיקפי, הפרעות בראיית לילה ובחלק מהמקרים ירידה בחדות הראייה המרכזית...".

במאמר של בריין, מוזכר שגברים רבים שהשתמשו בויאגרה דיווחו על שינויים שחשו בדרך שבה הם ראו את הצבעים הירוקים והכחולים והתלוננו על קושי באבחנה ביניהם. אחרים סיפרו שהם רואים את העולם בגוונים של כחול למשך מספר שעות. אגב, זו הסיבה שבגללה אסור לטייסים להשתמש בויאגרה במשך 12 שעות לפחות, לפני מועד הטיסה.

בעיה אחרת קשורה לגברים שנוטלים ניטרוגליצרין כתרופה נגד אנגינה. תרופת הניטרוגליצרין פועלת על ידי העלאה של תחמוצת החנקן (Nitric oxide) בגוף ועוזרת לטיפול באנגינה על ידי הרחבת העורקים המספקים חמצן ללב. אם הגבר ייטול ניטרוגליצרין יחד עם ויאגרה, שילוב זה של עלייה בתחמוצת החנקן יחד עם עיכוב וחסימה של ה-5PDE, עלול לעורר בעיות.

תופעות לוואי אחרות כתוצאה משימוש בויאגרה יכולות להיות קלות ערך כמו כאבי ראש (כאשר התרופה גורמת להרחבת העורקים במעטפת המוח ולהגברת הלחץ), אבל עלולה גם לגרום לתופעות פאטאליות כמו התקף לב. האפשרות ללקות בהתקף לב היא אחת הסיבות שבעטייה הויאגרה היא תרופת מרשם, ולא תרופה "מעבר לדלפק", כמו האספירין. רופא צריך להכיר ולהבין את ההיסטוריה הרפואית של הגבר ולהבטיח שהויאגרה לא תגרום לו להתקף לב. תופעה נוספת שעלולה להתרחש בעקבות השימוש בויאגרה היא זיקפות כואבות וארוכות. במקרים כאלה חייב הגבר לגשת לרופא כדי לפתור את הבעיה.

לבסוף, קיימת סכנה לאותם גברים, במיוחד הצעירים ביניהם, שאין להם שום צורך פיזי בויאגרה ובכל זאת מחליטים להשתמש בה לשם השעשוע בלבד. אלה עלולים למצוא את עצמם מכורים לתרופה, כלומר, אבדן היכולת לשמור על זקפה ספונטאנית וטבעית ללא צורך בויאגרה.