מאז ומתמיד היה בלבול בקרב מועמדים ללימודים אקדמיים לגבי ההבדלים בין לימודי הנדסת תוכנה ללימודי מדעי המחשב. מצד, ישנו דמיון מובהק בין שני התחומים, שכן הם שניהם מדעיים, שייכים לתחום המחשוב והטכנולוגיה וחלק מהקורסים הנלמדים זהים בשניהם.
מנגד, אם ננסה לעמוד על השוני בין שני התחומים, נגלה מספר הבדלים המעניקים יתרון משמעותי ללימודי הנדסת תוכנה, עליהם נמנים פרמטרים הקשורים לאורך הלימודים, אפשרויות התעסוקה של הבוגרים והניסיון והידע הנצברים במהלך הלימודים.
כך למעשה, אורך לימודי הנדסת תוכנה הינו ארבע שנים לעומת לימודי מדעי המחשב הנמשכים כשלוש שנים בלבד. אמנם על פניו, זה נראה הבדל לא משמעותי של שנה אחת, אך שנה זו היא מהותית שכן בה מבצע מהנדס התוכנה התמחות בכל הקשור לפיתוח ויישום טכנולוגיות מחשוב שונות. יתרה מזאת, השנה האחרונה בלימודי הנדסת תוכנה בעלת חשיבות רבה, שכן במהלכה הסטודנט נדרש לבצע את פרויקט הגמר שלו, מה שעשוי בגמר הלימודים להוות כמעין "כרטיס ביקור" בקבלה למקומות עבודה.
מלבד זאת, מבחינת המצב בשוק העבודה, נכון להיום, ישנו ביקוש גדול יותר למהנדסי תוכנה והם יכולים להשתלב בקלות במשרות שונות וכן להתקדם לתפקידים בכירים יותר. משום העלייה בביקוש מדי שנה לבוגרי הנדסת תוכנה, מוצע להם גם שכר התחלתי גבוה יותר המסתכם בכמה עשרות אלפי שקלים בחודש.
על כל הבדלים אלו, נוסיף גם את הדעה הרווחת של אנשים מהתחום שטוענים כי סטודנט ללימודי הנדסת תוכנה מקבל ראייה נרחבת יותר בכל הקשור לתחום המחשבים לעומת סטודנט ללימודי מדעי המחשב, המקבל ראייה צרה וממוקדת יותר בתחום. נוסיף על כך גם את העובדה שאותו סטודנט בגמר הלימודים, יוצא עם מקצוע בפני עצמו- מהנדס תוכנה, המעניק לו את האפשרות לפתח, ליישם, להטמיע ולבקר מערכות תוכנה.
בעצם, אם לוקחים בחשבון את כל ההבדלים שנמנו עד כה, ניתן להסיק שלימודי הנדסת תוכנה כדאיים יותר, גם אם טמון בהם קושי רב יותר מלימודי מדעי המחשב. זאת משום שהסטודנט לא רוכש רק תואר אקדמי, אלא גם מקצוע לעתיד.