מחלת החניכיים הנפוצה ביותר הן דלקת חניכיים, מהן סובל אחוז גבוה מאוכלוסיית העולם המערבי, והיא מהווה גורם ראשון במעלה לאובדן שיניים בקרב אנשים מעל גיל 40. מחלות החניכיים נגרמות כתוצאה מהיווצרותה של שכבת חיידקים על השן, ואזור חיבורה לחניכיים הנקראת פלאק ומפרישה חומרים רעילים הגורמים לריקבון השן, ובמקביל לשקיעת סידן על השיניים המביא ליצירת שכבת אבנית הגורמת לדלקת חניכיים, יוצרת כיסי חניכיים וגורמת לנסיגת חניכיים.

טיפול במחלת חניכיים צריך להיעשות במרפאת שיניים. מומלץ לעבור טיפול של הסרת אבנית אחת לשלושה חודשים. במקרים בהם מצטברת שכבת אבנית מתחת לקו החניכיים, ישנו צורך בטיפול יסודי יותר להסרת האבנית, הנקרא הקצעת שורשים.

טיפול של הקצעת שורשים מתבצע תחת הרדמה מקומית, והוא כולל ניקוי שורש השן משכבות של חיידקים ואבנית באמצעות מכשירים חדים החודרים במרווח שבין השן והחניכיים. טיפול של הקצעת שורשים, חלק מתהליך שיקום פה, ניתן לבצע רק לאחר הסרת האבנית מעל קו החניכיים ולאחר תקופה קצרה של הכנה מצד המטופל, הכוללת הקפדה על צחצוח נכון.

יעילותו של טיפול הקצעת שורשים באה לידי ביטוי בעובדה שבמקרים רבים היא חוסכת את הצורך בניתוח חניכיים. גורם נוסף התורם להיווצרות מחלת חניכיים הוא העישון, וזאת משום שהעישון מביא להצרת כלי הדם ובכך מפחית את אספקת הדם לחניכיים. משום כך, בעת טיפול במחלת חניכיים, מומלץ למטופל להפסיק לעשן לפחות עד לסיום הטיפול.

מתח נפשי גם הוא משפיע לרעה על יכולות הגוף להתמודד עם מחלות בכלל, והדבר כולל גם התמודדות עם מחלות בחלל הפה וכן היכולת להתמודד עם טיפול במחלת חניכיים.

טיפול במחלת חניכיים הינו בעל חשיבות החורגת משאלות של היגיינת חלל הפה. הזיהום הנוצר על ידי שכבת החיידקים בשיניים ובחניכיים עלול לחדור למחזור הדם ולגרום לזיהומים בשאר חלקי הגוף.

מחקרים מראים כי מחלת חניכיים חמורה עלולה להגביר את הסיכויים ללקות במחלת לב, להחרפת מחלת הסוכרת אצל אלה החולים בה, למחלות בדרכי הנשימה או להביא ללידה מוקדמת אצל נשים בהריון ולגידול באחוז השתלות שנייים על פי מחקרים שנעשו, 75 אחוז מהחולים במחלות חניכיים מתקדמות הנמצאים מתחת לגיל 50, מפתחים גם מחלת לב.

בעיה נוספת בתחום בריאות השן היא חריקת שיניים. זהו מצב בו אדם מחכך את שיניו אלה באלה באופן לא מודע, בעיקר בעת שינה. אצל רוב הסובלים מבעיה זו אין נזק משמעותי, אך אצל 6 אחוזים מהסובלים מחריקת שיניים מביאה הבעיה להרס הדרגתי של השיניים, כאב ראש וכאבים בלסתות.

הגורם לחריקת שיניים אינו ידוע, אך מעריכים שמתח נפשי מחריף את הבעיה וישנה גם השערה בדבר קיומו של גורם גנטי הגורם לבעיה לעבור בתוך המשפחה בחלק מהמקרים. למרות שאין פיתרון המפסיק את הבעיה, קיים טיפול המפחית את הנזק לשיניים באמצעות הרכבת סד דמוי פרסה על הלסת העליונה, ובכך מופחת קצב שחיקת השיניים.