תפקידו של תהליך רישום הפטנטים הינו להגן על זכויות היוצרים והקניין של אדם או ארגון אשר פיתח המצאה מסוג כזה או אחר, בין אם המדובר במוצר, בשירות או ביישום ייחודי. על פניו, ברור כי מטרתה של החקיקה המסדירה את נושא הפטנטים הינה חיובית.

עם זאת, כמו כל דבר אחר, גם פטנטים ניתן לנצל לרעה.

דוגמה טובה לבעייתיות נושא הפטנטים ניתן למצוא בתעשיית התרופות – תעשייה המגלגלת מיליארדי דולרים מדי שנה בשנה. תהליך המחקר והפיתוח הכרוך בייצור תרופה או ציוד רפואי, משלב הרעיון ועד להגיעם למדף הינו ארוך, מורכב ויקר להחריד. כמו כן, בשל התחרות העזה בין החברות השונות, הסיכון לריגול תעשייתי הוא גדול ועבודה של שנים יכולה לרדת בקלות לטמיון.

כאשר מצליחה חברת תרופות עם רישום פטנט על תרופה מסוימת, על תהליך או על טכנולוגיה חדשה, ביכולתה לאכוף את זכויותיה ולמנוע מחברות אחרות לעשות שימוש בפטנטים שבבעלותה. החברות האחרות המתחרות על רישום הפטנט, אשר הפסידו במרוץ, יכולות להפסיד, למעשה, את זכותן לעשות שימוש בכלים ובמוצרים אותם פיתחו. הדרך היחידה להמשיך ולעשות שימוש בהם היא למצוא דרך לנצל דברים אלו באופן חדש ומובחן לחלוטין מזה שנרשם ומבלי לעשות שימוש בפטנט רשום.

כעסקים לכל דבר ועניין, התחרות העזה בין חברות התרופות מובנת בהחלט. עם זאת, לא ניתן להתכחש לכך שחברות תרופות אינן ככל חברה. המוצרים אותם הן מפתחות ומשווקות נוגעים לבריאות האדם, לרווחתו ולאיכות חייו. לפיכך, ישנו פן מוסרי מאוד משמעותי אשר נלווה למוצרים ולשירותים הללו.

אחת מן הבעיות הנלוות לנושא הפטנטים בענף התרופות הינה בכך שחברות אשר הפסידו במרוץ אחר הרישום, חברות חדשות או כל חברה אחרת אשר מבקשת לעשות שימוש בדברים אשר נמצאים תחת פטנט, על מנת לייצר מוצרים דומים או שונים, אינם יכולים לעשות זאת. כך, למעשה, נמנעת האפשרות לפתח תרופות ו/או תהליכים רפואיים אשר יכולים היו לשמש כדי להציל חיים, וכל זאת, על מנת לשמור על זכותה של בעלת הפטנט. כדי להבהיר את הנקודה – יכולה חברת תרופות להחזיק בפטנט, ואף לא לפעול בנושא פיתוח יישום רפואי כזה או אחר, אך גם למנוע ממישהו אחר לעשות זאת. כך, תרופות אשר יכולות היו להיות מפותחות אינן מפותחות.

בעיה נוספת, היא שפטנטים מסוג זה עלולים לפגוע ביכולת לפתח תחרות, וכך לעודד יצירה של מונופול. חברות חזקות, מבוססות ובעלות אמצעים יכולות למנוע מחברות קטנות וחדשות לקבל אפילו דריכת רגל ראשונית בשוק, וכך למנוע התפתחות של תחרות. מי שיוצא נפסד בסופו של דבר, הוא הצרכן, אשר יכול היה ליהנות מתרופות מגוונות ואולי אפילו טובות יותר ובמחירים טובים יותר. בעל המאה הוא בעל הדעה, ודעתו של הצרכן אשר זקוק לתרופה, ולעתים קרובות אינו במקום בו ביכולתו למחות או להתמקח מתבטלת.